Het Leids Nieuw Bolwerk wordt gebouwd op twee stukken grond land langs de Langegracht, tussen de Reineveststeeg en de Nuon-centrale en tussen het gebouw voormalige Vuilverbranding aan het Ambachtsplein en het appartementencomplex van Portaal direct ten oosten van het Stadsbouwhuis. Deze twee stukken grond zijn in de nota Bouwen 2020 aangemerkt als woningbouwlocaties van stedelijk belang.
Eerder is al aangegeven dat voor de realisatie van de nieuwe buurt wel eerst een aantal gebouwen gesloopt zullen moeten worden: het gebouw van De Sleutels, de oudere delen van het Tweelinghuis en het Stadsbouwhuis. Ook in het Energiepark zal Loods C gesloopt moeten worden en, als in 2022 de Nuon-centrale beschikbaar komt en door de gemeente van de E.ON teruggekocht kan worden, het nieuwere deel van de centrale direct ten noorden van de grote schoorsteen. De industrieel erfgoedgebouwen langs de Maresingel blijven staan en worden gerenoveerd en herbestemd.
De Sleutels, Loods C, het Tweelinghuis, het Stadsbouwhuis en de industrieel erfgoedgebouwen langs de Maresingel zijn eigendom van de Gemeente. Met uitzondering van de laatstgenoemde gebouwen staat geen van deze gebouwen momenteel leeg. Het Stadsbouwhuis en een deel van het Tweelinghuis komen naar verwachting in 2020 beschikbaar wanneer de Gemeente haar afdelingen die gehuisvest zijn in deze gebouwen verplaatst naar een nieuw stadskantoor. De huurders in De Sleutels hebben echter allen langdurige huurcontracten. Met hen zal overleg gepleegd moeten worden of zij geïnteresseerd zijn te verhuizen naar een andere locatie, bijvoorbeeld elders in het Nieuw Leids Bolwerk.
Na de sloop van de hierboven aangegeven gebouwen ontstaan twee bouwlocaties van 125 meter bij 50 meter (A) en van 140 meter bij 60 (B), respectievelijk ten westen en ten oosten van de Nuon-centrale en de daarnaast liggend industrieel-erfgoed gebouw van de voormalige Vuilverbranding. De bestaande parkeerplaats in het noordoosten van blok B (ten oosten van het Stadsbouwhuis) wordt niet tot de bouwlocatie gerekend. Immers, bewoners van de appartementen van Portaal parkeren hier hun auto’s en willen dat in de toekomst graag blijven doen. Met de sloop van Loods C en het nieuwere deel van de Nuon-centrale wordt een terrein van in totaal 5000 m2 aan het Energiepark toegevoegd.
In bovenstaande plattegrond is te zien dat het recent gebouwde gedeelte van het Tweelinghuis niet gesloopt maar als kantoorruimte geïntegreerd kan worden in het stedenbouwkundig ontwerp van het Nieuw Leids Bolwerk. Ook zijn al ingetekend de naar het oosten doorgetrokken 3de Binnenvestgracht en de nieuwe hoofdfietsroute door het Energiepark, die de Merenwijk en Nieuw Leyden met de binnenstad gaat verbinden.